明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安宁”之祥意，建右安门，以护城市的安康。建国初期，彭真市长亲临右安门外，规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模与学科设置均为亚洲之首。
1989年更名为北京佑安医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学第九临床医学院及首都医科大学传染病学系主任委员单位。
今天的佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心；并搭建起国际化高新医药科技临床与转化医学高端平台。
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